虽然在线考试系统具有许多便利和优势，但同时也存在以下弊端：

1. 技术问题：学生需要有一定的计算机技术能力和基础，才能顺利地完成在线考试。同时，系统需要具备良好的稳定性和兼容性，以保证客户端和服务器之间的正常通信和数据传输。

2. 作弊问题：在线考试存在作弊的风险，例如学生可以利用网络搜索、剪贴复制等方式，从而泄露或者抄袭考试题目和答案。为了避免这种风险，系统需要具备合理的安全措施和防范机制，例如禁用复制粘贴、监控学生操作等。

3. 反馈机制不及时：在线考试系统往往缺乏教师与学生面对面的交流，因此教师可能无法及时对错误的答案或者疑惑提供帮助和及时反馈。

4. 教育习惯问题：在线考试可能无法满足一些学生和教师的学习和教学习惯，例如一些人更喜欢考试时纸笔作答，或者更喜欢课堂互动和交流。

5. 硬件资源问题：在线考试需要充分利用计算机、网络等硬件资源，一些学生的家庭可能没有充足的硬件资源，无法满足在线考试的要求。同时，有些考生在考试时可能会因硬件故障或网络问题而无法正常参加考试。